Rで解析：インタラクティブなヒートマップ！D3.jsを利用した「d3heatmap」パッケージの紹介

#パッケージのインストール
install.packages("d3heatmap")

#パッケージの読み込み
library("d3heatmap")

#データ例の作成
#50*10のデータ
TestData <- matrix(sample(1:1000, 500, replace = TRUE), 50, 10)
TestData <- data.frame(row.names = paste0("TEST", 1:50), TestData)
colnames(TestData) <- paste0("Data", 1:10)

#プロット
#オプション無しで単純にプロット
d3heatmap(TestData)

#デンドログラムの表示設定:dendrogramオプション;初期値"both"
#"both", "row", "column", "none"の設定が可能
#ラベル表示順にも影響します
d3heatmap(TestData, dendrogram = "none")

#行と列の距離計算を設定:Rowv;初期値TRUE, Colv;初期値"Rowv"オプション
#初期値はdist,hclustコマンドの初期設定となります
#FALSEを指定すると並び替をしませんがColvは初期値が使用されます
d3heatmap(TestData, Rowv = FALSE)

#デンドログラムを指定したグループで色分け:k_row, k_colオプション
#色の指定はcolor_branchesコマンドを使用:最下部で紹介
d3heatmap(TestData, k_row = 5, k_col = 3)

###Rowv, k_row, k_colオプションを適応し出力###
d3heatmap(TestData, Rowv = FALSE, k_row = 5, k_col = 3)
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#セルの色を指定:colorsオプション;初期値"RdYlBu"
#colorRampPaletteコマンドを利用すると便利です
d3heatmap(TestData, colors = colorRampPalette(c("#d9bb9c", "#4b61ba"))(10))

#セルの枠線を消す:show_gridオプション;初期値TRUE
#FALSEで消えます
d3heatmap(TestData, show_grid = FALSE,
          colors = colorRampPalette(c("#d9bb9c", "#4b61ba"))(10))

###colors, show_gridオプションを適応し出力###
d3heatmap(TestData, show_grid = FALSE,
          colors = colorRampPalette(c("#d9bb9c", "#4b61ba"))(10))
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#参考:距離計算の方法例とcolor_branchesコマンドの使用例
#as.dendrogram, hclust, Distコマンドを利用
#距離計算手法が多いamapパッケージのDistコマンドを使用しています
#詳細は各コマンドヘルプをご覧ください

#amapパッケージのインストール
#install.packages("amap")
#amapライブラリの読み込み
library(amap)

#距離計算
RowDist <- as.dendrogram(hclust(Dist(TestData, method = "pearson", nbproc=200),
                                method = "complete"))
ColDist <- as.dendrogram(hclust(Dist(t(TestData), method = "pearson", nbproc=200),
                                method = "complete"))

#デンドログラムの色設定:dendextendパッケージのcolor_branchesコマンドを利用
library("dendextend")
RowDist <- color_branches(RowDist, k = NULL, h = NULL,
                          col = colorRampPalette(c("#4b61ba", "#ffdd99")))
ColDist <- color_branches(ColDist, k = NULL, h = NULL,
                          col = colorRampPalette(c("#deb7a0", "red")))

#k_row, k_colオプションを適用するとデンドログラムの色は反映されません
d3heatmap(TestData, Rowv = RowDist, Colv = ColDist, show_grid = FALSE,
          colors = colorRampPalette(c("#d9bb9c", "#4b61ba"))(10))